Школа Джонанг является единственной из тибетских школ (Ньингма, Кагью, Сакья и Гелуг), где практика Калачакра-тантры является основной. Последователи традиции Джонанг являются уникальными держателями стадии завершения Калачакра-тантры (тайной практики шести йог Калачакры). Также в этой традиция крайне подробно и детально объяснено воззрение жентонг, или «пустоты-от-другого». При этом воззрение жентонг и шесть йог Калачакры являются взаимодополняющими. Так многие мастера традиции с помощью особых техник стадии завершения Калачакры смогли постичь конечное воззрение Будды.
Вся линия преемственности мастеров традиции Джонанг состоит из йогинов, посвятивших свою жизнь практике Калачакры. Среди ранних тибетских мастеров линии Дро Калачакры весьма почитается йогин Юмо Микье Дордже. Он жил в XI веке и был учеником кашмирского махасиддха Соманатхи. Несмотря на то, что воззрение жентонг берет начало от самого Будды Шакьямуни и далее передавалось такими индийскими мастерами, как Майтрея, Асанга, Васубандху, но именно Юмо Микье Дордже распространил эти учения в Тибете. Считается, что Юмо постиг воззрение жентонг во время практики шести йог Калачакры в районе горы Кайлаш в Западном Тибете. Затем он обучал жентонгу как тайной доктрине своих ближайших учеников.
В 1294 году Кунпанг Тукдже Цондрю (1243—1313) основал монастырь, где базовой практикой была именно Калачакра-тантра. Этот монастырь находился в местности Джомонанг, от чего и пошло название традиции Джонанг. Утверждается, что этот монастырь был построен по образцу царства Шамбала, согласно тому, как оно изображается на тханках. Тукдже Цондрю, кроме того, собрал и упорядочил все традиции передачи Калачакры, существовавшие на тот момент в Тибете.
В начале XIV века главной фигурой Джонанг стал Долпопа Шераб Гьялцен (1292—1361). Изучив все буддийские традиции Тибета, включая Сакья, Ньингма и Кагью, Долпопа отправился в Джомонанг, где получил полное посвящение в тантру Калачакры у Ламы Йонтена Гьяцо, держателя трона Джонанг. После чего он провел затвор по шести йогам Калачакры в пещере Качод Дедан и достиг высоких реализаций.
В 1326 году Йонтен Гьяцо назначил Долпопу четвертым держателем линии в Джомонанге. Затем в период с 1330 по 1333 годы Долпопа построил великую ступу Джонанг. После этого он начал формулировать свое понимание окончательного воззрения Будды, постигнутого благодаря медитативным тантриченским практикам. Так важнейшим трудом Долпопы считается «Горная Дхарма», где невероятно детально, с опорой на коренные тексты изложена суть воззрения пустоты-от-другого.
Традиция Джонанг насчитывает многих прославленных буддийских учителей, одним из которых является Джецун Таранатха (1575—1634). Он уделял большое внимание Калачакра-тантре и основал монастырь Тактен Пунцок Чолинг (близ Шигацзэ). Таранатха был общепризнан как величайший мастер, йогин и историк своего времени. Многие из его трудов до сих пор используются практически во всех школах тибетского буддизма. Два наиболее известных сочинения Таранатхи — «История буддизма в Индии» и «Золотые четки Тары».
Великий учитель современности, Халха Джецун Дамба Богдо-геген Ринпоче IX, является воплощением Джецуна Таранатхи.
После паринирваны Таранатхи в середине XVII века, во времена правления Пятого Далай-ламы, традиция Джонанг подверглась репрессиям со стороны школы Гелуг. Последователи Гелуг считали взгляд жентонг на пустоту еретическим: они запечатывали библиотеки Джонанг, сжигали ее книги и насильственно обращали монастыри в Гелуг. Эти попытки искоренить традицию Джонанг объясняются, на самом деле, политическими соображениями, поскольку правящая традиция Гелуг боялась, что у Джонанг есть «опасные» связи с монголами. Это мнение подтверждается словами Его Святейшества Далай-ламы XIV в книге Гленна Муллина «Четырнадцать Далай-лам»: «Эти монастыри закрывались по политическим причинам, а не по религиозным, и закрытие их не имело ничего общего с сектантством».
Итак, после гонений и репрессий считалось, что традиция Джонанг исчезла. Однако недавно обнаружилось, что в отдаленных районах Тибета продолжают функционировать не менее семидесяти монастырей Джонанг, включая главный монастырь, именуемый Цангва и расположенный в Дзамтанге. Много монастырей этой традиции находятся в провинции Амдо. Они сохранились предположительно в силу того, что были расположены далеко от центра Гелуг — Лхасы. Поскольку в XVII веке были запрещены сочинения Долпопы и многих других мастеров Джонанг, эти труды стали раритетом. Некоторые из них были вновь открыты и напечатаны лишь в 1970—1980-х годах.
Традиция Гелуг вобрала в себя учения Калачакры, которые стали важной ее частью. Нынешний Далай-лама XIV активно передает Калачакра-тантру. Линия передачи Дро Калачакры из Джонанг сохранилась также в других тибетских традициях: в Кагью (в особенности мастерами Шангпа Кагью — Калу Ринпоче, Бокар Ринпоче, Тенга Ринпоче) и в Сакья (Сакья Тризин Ринпоче).
Сегодня в Тибете более семидесяти действующих монастырей Джонанг. В главном монастыре в Дзамтанге на данный момент обучается более двух тысяч монахов. В качестве поддержки традиции Его Святейшество Далай-лама XIV выделил монастырь в северной части Индии в Шимле. Он был назван Джонанг Тактен Пунцок Чолинг и является главным центром Джонанг за пределами Тибета. Его Святейшество назначил Халха Джецуна Дамбу Ринпоче главой традиции Джонанг. Существует также монастырь традиции Джонанг в Непале. Недавно был открыт новый монастырь в Дхарамсале.
Дхарма-центры Джонанг в данный момент существуют в России, Китае, США, Австралии, на Тайване, а также в Европе и Южной Америке.