Лама Йонтен Гиалтсо родился 2 марта в бедной крестьянской семье, проживающей в селении Нгава (тибетский регион Амдо). В возрасте семи лет известный учитель Лоден распознал в мальчике благородное существо, которое впоследствии принесет пользу многим людям, и посвятил его в монашеский сан. Под руководством Догью, наставника по тантрическим ритуалам, он заучивал тантрические тексты и осваивал ритуалы, в завершение сдав экзамены в одном из крупнейших монастырей традиции Джонанг — Сер Гомпа. Там же он проходил обучение по пяти наукам: поэзии, этимологии, лексикографии, астрологии, танцу и драме. Он получал наставления по различным практикам традиции Калачакры под руководством Ламы Ваджрадхары Тугдже Пала.
В возрасте семнадцати лет, сдав экзамены по Калачакра-тантре, Лама Йонтен Гиалтсо удалился в трехлетнее отшельничество, во время которого занимался практикой шести йог Калачакры. По результатам ретрита он удостоился высокой похвалы от своего коренного учителя Ламы Кунги Тугдже Пала, считающегося воплощением Всеведущего Долпопы. Лама Йонтен Гиалтсо был одним из его лучших учеников по Калачакра-тантре. По завершении трехлетнего отшельничества в течение года Лама находился в ретрите по медитациям шаматхи, випашьяны и махамудры. После этого он направился в Лхасу, где медитировал в пещерах Всеведущего Долпопы и его четырнадцати учеников сердца (недалеко от монастыря Тактен Пунцог Чолинг), Миларепы, Всеведущего Чогьялвы, Всеведущего Ньяпенпы, Тантона Гьялпо, Джецуна Кунги Дролчога и др.
Завершив ретриты, на протяжении десяти лет Лама Йонтен Гиалтсо занимался изучением буддийской философии и теории верного познания. Год он посвятил преподаванию философии в монастыре Сер Гомпа, а также в течение четырех лет учил на тантрическом отделении Калачакры, помогая практикующим, находящимся в строгом затворе по шести йогам Калачакры.
Лама был одним из инициаторов восстановления ступы Джонанг Кумбум, разрушенной во время китайской культурной революции, которая находится рядом с монастырем Тактен Пунцог Чолинг. Вместе с монахом из этого монастыря они начали восстановление — носили камни, скрепляли их раствором. Сейчас эта ступа полностью восстановлена.
Прибыв в Индию в 1997 году, Лама учился три года в школе философии Далай-ламы. Под руководством учителя Нангвы Пала он изучил пять важных трактатов по буддийской философии: «Совершенство мудрости», «Срединный путь», «Действенное познание», «Монашеская дисциплина» и «Сокровищница знания». Затем Лама преподавал философию большому числу учеников.
Позднее он направился в монастырь Джонанг Тактен Пунцог Чолинг в Шимле (Индия), главный монастырь традиции Джонанг за пределами Тибета. Этот монастырь в свое время был дарован Богдо-гегену Халхе Джецуну Дамбе Ринпоче IX Его Святейшеством Далай-ламой XIV. В течение пяти лет Лама Йонтен Гиалтсо был заместителем настоятеля этого монастыря. Являясь одним из главных учителей в монастыре, он время от времени давал в Дхарамсале учения иностранцам. Под его руководством в монастыре была построена библиотека. Лама стал основным спонсором строительства ретритного центра для интенсивной практики шести йог Калачакры, единственными держателями которой являются мастера традиции Джонанг. С тех пор монахи непрерывно выполняют стадию завершения тантры Калачакры, сменяя друг друга группами по десять человек. В ближайшее время планируется возведение нового большого храма, чтобы монастырь смог принять большее количество монахов.
Позднее глава школы Джонанг, Богдо-геген Халха Джецун Дамба Ринпоче IX, признанный воплощением Таранатхи, уполномочил Ламу Йонтена Гиалтсо передавать обширное учение традиции Джонанг в России и других странах. Так, с 2003 года Лама Йонтен Гиалтсо большую часть времени находится в России, где делится знаниями и опытом со своими учениками.
Под руководством Ламы в 2009 году в Москве открылся Дхарма-центр «Джонангпа» (с 2016 года МРО БЦ «Калачакра»), где ученики осваивают предварительные практики (нендро) традиции Калачакры, практики пховы (переноса сознания в чистую землю), шаматхи (однонаправленной концентрации), випашьяны (глубинного видения) и махамудры (сокровенного учения о природе ума), а также изучают философию, получают устные наставления, передачу мантр и комментарии по выполнению практик.
С благословения Ламы функционируют дхарма-центры и группы практикующих в таких городах России, как Москва, Санкт-Петербург, Казань (Республика Татарстан), Симферополь (Республика Крым) и Севастополь, а также в Кишиневе (Республика Молдова) и Минске (Республика Беларусь).
В 2018 году вышла первая книга Ламы Йонтена Гиалтсо на русском языке под названием «Нектар Освобождения».
В апреле 2020 года с благословения Учителя началось строительство ретритного центра Нгедон Чокор Линг в Крыму.